Fernando Villavicencio tuvo influencia como periodista e investigador en la revelación de varios casos de corrupción. Trabajos como "Arroz Verde" o "Ina Papers" desencadenaron en procesos judiciales como el Caso "Sobornos", con sentencia por cohecho agravado contra el expresidente Rafael Correa y el exvicepresidente Jorge Glas; y el Caso "Sinohydro", en donde Fiscalía acusa al expresidente Lenin M. por el presunto delito de peculado. 

En mayo de 2022, el entonces presidente de la Comisión de Fiscalización de la Asamblea Nacional publicó una foto en la piscina de una mansión de Miami en la que aparecían el entonces asambleísta Ronny A., el empresario Xavier J. y el operador Leonardo C. Estos dos últimos estarían vinculados a presunta corrupción hospitalaria, en torno a la adquisición de insumos durante la pandemia del covid-19, en 2020. 

Marcelo L.S, testigo protegido de la Fiscalía, aseguró en su declaración voluntaria y que forma parte del expediente público del Caso Villavicencio, que esta foto sería uno de los posibles detonantes para asesinar al excandidato presidencial. La declaración fue brindada vía telemática en una audiencia realizada en el Complejo Judicial Norte de Quito, en septiembre de 2025. 

En su relato, Marcelo L.S. contó que fue caporal en un pabellón controlado por los "Los Lobos" en la Cárcel de Latacunga, en donde fue mano derecha y compañero de celda del narcotraficante Leandro Norero, hasta su muerte ocurrida en un motín, el 3 de octubre de 2022. Gracias a este vínculo de confianza que habría tenido con el criminal habría accedido a información relacionada a la planificación y el móvil del crimen contra el exasambleísta. 

Según su testimonio, en junio de 2022, Xavier J. (procesado por este caso y prófugo de la justicia) se habría contactado con Norero para realizar seguimientos a Villavicencio por las publicaciones que habría realizado en su contra.

"La primera persona en mencionarle el tema (del asesinato) es Xavier J., cuando él empezó a a pasar artículos y cosas que el señor Villavicencio publicaba", dijo Marcelo L.S., ante una pregunta que le realizó Ana Hidalgo, fiscal a cargo del caso. 

El testigo dijo que estos seguimientos a Villavicencio se realizaron cuando Norero estaba detenido en la Cárcel de Latacunga, tras ser detenido por lavado de activos, con el conocimiento de otros presuntos involucrados como Daniel S., el exministro del Interior, José S. y el exasambleísta correísta Ronny A. También señaló a otros como el expresidente Correa y el exvicepresidente Glas, quienes -hasta el momento- no han sido vinculados al caso. 

Para rastrear las actividades del entonces parlamentario habrían contado con la ayuda de policías que supuestamente habrían trabajado a órdenes de José S. y ayuda logística de organizaciones delictivas, como "Los Lobos" y  el Frente Oliver Sinisterra".

Las hipótesis que rodean al asesinato de Villavicencio

Además de una supuesta enemistad con Xavier J. por la publicación de la fotografía, el testimonio de Marcelo L.S. también señaló en su comparecencia otras posibles causales por las habrían planeado y ejecutado el crimen de Villavicencio. 

En la comparecencia señaló a Xavier J. como la persona que "prendió la mecha" para ejecutar el crimen. Este habría mencionado que Villavicencio había publicado artículos en su contra y le habría exigido USD 200.000 a través de un intermediario del periodista Christian Zurita, amigo cercano del fallecido, a cambio de no publicar más información que lo involucre. 

"Le habría pedido a través de un encargado del señor Christian Zurita USD 200.000 para no publicar unas cosas, que se le dio y aún así publicó y le seguían pidiendo más dinero y que tenían que matarlo porque si no les iba a seguir metiendo la mano al bolsillo", dijo Marcelo L.S., según consta en el expediente. 

Al hacerse público el expediente Zurita rechazó esta versión y a través de una publicación en su cuenta personal de X calificó a esta declaración como "una falsedad" y señaló al periodista Anderson Boscán de La Posta y a  Xavier J. por la acusación, que -según dijo- buscaría "anular la teoría del caso". 

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— christian zurita :. (@christianzr) November 10, 2025

Según Marcelo L.S. tanto a Norero como a Xavier J. les habría preocupado la información que manejaba Villavicencio, en particular un presunto vínculo del empresario con un narcotraficante en Estados Unidos. 

El testigo dijo que a mediados de 2022 -cuando se planificó en un inicio el crimen de Villavicencio- el móvil habría sido la información que manejaba como periodista y presidente de la Comisión de Fiscalización. Después de la muerte de Norero, la planificación del asesinato se habría reactivado a inicios de 2023, por presuntas investigaciones que el exlegislador tendría sobre el movimiento Revolución Ciudadana (RC5). 

"El segundo momento la motivación que tuvieron es que no se divulguen temas de los cuales el señor Fernando Villavicencio tenía evidencias, investigaciones en referencia al movimiento Revolución Ciudadana, de cómo se utilizó el entramado político para generar una vía de narcotráfico y lavado de dinero, eso era la que más le preocupa, porque eso es el negocio principal que ellos tienen", dijo Marcelo L.S, en respuesta a una pregunta del abogado de las hermanas Amanda y Tamia Villavicencio, hijas del político, y que consta en la página 11 del documento. 

La motivación del asesinato de Villavicencio todavía permanece en etapa investigativa de parte de la Fiscalía, que ha acusado a Xavier J., José S., Ronny A. y Daniel S., como presuntos autores intelectuales del hecho. Ellos también mantienen una orden de prisión preventiva.

Por su parte, los autores materiales, Carlos A., alias "Invisible" y Laura C., alias "La Flaca", están presos y cumplen con una condena de 34 años y ocho meses de prisión. Los sicarios Andrés Manuel M., José Neider L., Adey Fernando G., Camilo Andrés G., Jules Osmil C. y John Gregore R. fueron asesinados el 7 de octubre de 2023, en la Penitenciaría del Litoral, mientras cumplían prisión preventiva. 

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