La historia del periódico, fundado por Juan Murillo Miró el 16 de febrero de 1884, estuvo ligada desde siempre con el devenir político y social de Ecuador. El Telégrafo apareció cuando el país era dirigido por José María Plácido Caamaño, de la facción conservadora que se impuso a los liberales luego del derrocamiento de Ignacio de Veintimilla.    

Desde su creación el nuevo diario se caracterizó por un ejercicio periodístico de avanzada, acorde con las ideas liberales de los grupos en pugna con el gobierno conservador.

El fusilamiento del jefe liberal Nicolás Infante Díaz motivó el inmediato rechazo del diario mediante un comunicado que se publicó el 5 de enero de 1885. La nota provocó la reacción de cientos de ciudadanos guayaquileños de toda condición que suscribieron un documento de protesta impreso en el diario y que fue publicado como hoja volante con la totalidad de las firmas.

En represalia el gobierno de Caamaño ordenó apresar al director y enviarlo  a Chile, bajo la figura del destierro. Como consecuencia el periódico se cerró en  julio de 1886.

El Telégrafo fue reabierto, una década después, en plena Revolución Alfarista. Al poco tiempo, José Abel Castillo compró a Murillo el total de las acciones. En esta segunda etapa, El Telégrafo se afianzó como diario nacional. Estrenó, en 1923, su primera casa en el centro de Guayaquil y adquirió la primera rotativa del país, cuya operación empezó en 1926.

Asimismo, fiel a su vocación democrática, sus páginas registraron  acontecimientos trágicos como la masacre de los obreros guayaquileños del 15 de noviembre de 1922; la invasión peruana de 1941; el levantamiento popular del 28 de mayo de 1944; la matanza de cientos de estudiantes guayaquileños en el gobierno de Camilo Ponce, entre otros.   

El Telégrafo I, avioneta que voló los Andes ecuatorianos por primera vez, inauguró el correo aéreo entre la Sierra y la Costa. Los más importantes escritores, poetas e intelectuales ecuatorianos y extranjeros publicaron en sus páginas.   

A partir de 1972, coincidiendo con el traspaso del periódico a manos de banqueros y empresarios -Rodrigo Ycaza Candel, José Antón y Fernando Aspiazu- se inició un lento declive que se aceleró durante la administración de Aspiazu, quien utilizó sus páginas para defenderse de las acusaciones por el fraude bancario.

En 2007 fue asumido totalmente por el Estado ecuatoriano, que lo declaró primer diario público de Ecuador, categoría que requiere del aval de una Ley de Comunicación para que legalice su status.           

El Telégrafo suma logros como estar considerado entre los 8 mejores medios impresos de Latinoamérica por la Asociación Mundial de Periódicos y Editores de Noticias, con sede en la ciudad alemana de Darmstad, superando al brasileño O’Globo y Clarín de Argentina, que no fueron admitidos.            

La nueva rotativa, capaz de imprimir 75 mil ejemplares por hora, posibilitó ampliar la cobertura hacia Azuay, Loja, Zamora Chinchipe, Morona Santiago y El Oro. Este año el diario se extendió hacia Bolívar, Tungurahua, Chimborazo y Cotopaxi, retomando así su carácter de diario nacional.