Huaquillas cuenta con un Centro Binacional de Atención en la Frontera (Cebaf), construido con un costo de  6’136.192,85 dólares.

La obra estuvo a cargo del Ministerio de Transporte y Obras Públicas (MTOP) y su objetivo es mejorar el intercambio comercial entre Ecuador y Perú. Además, facilitar la movilización en las cerca de 500.000 personas que transitan de un país a otro.

Este sistema integrado de gestión y control de los tráficos binacionales evita la duplicidad de trámites y registros de salida e ingreso.

Asimismo, permite impulsar la economía de las poblaciones fronterizas, mediante los servicios de aduana, migración, antinarcóticos y agro-calidad. En el centro se inspeccionan vehículos y se verifica la carga.