El Comité de Operaciones de Emergencia (COE) Nacional seguirá al mando de Juan Zapata. El presidente Guillermo Lasso no solo lo ratificó como presidente del COE Nacional, sino que lo nombró como su delegado para que dirija el Comité del Servicio Nacional de Gestión de Riesgos (SNGR).

Desde el 15 de diciembre de 2020, Zapata ha sido el rostro visible del manejo de la crisis sanitaria.