Como parte de la recuperación del  estuario Río Chone y las cuencas altas del río  Carrizal, el Ministerio del Ambiente (MAE) realiza control, monitoreo, vigilancia y campañas de reforestación en el Refugio de Vida Silvestre, Isla Corazón y Fragatas, zonas declarada como áreas protegidas. El plan de manejo busca identificar todos los problemas de este sector y  mejorarlo.

Desde las décadas de los setenta y ochenta el estuario fue afectado por procesos erosivos de las laderas, que luego se agudizaron con el fenómeno de El Niño, en los años 1983 y 1998, donde la ría (brazo de mar) quedó atascada en un gran porcentaje, perdiendo la capacidad navegable, además de especies acuáticas propias del ecosistema.