Tener una sola torre es una de la peculiaridades de la iglesia de San Sebastián,  ubicada al oeste del Centro Histórico de Cuenca, que constituye además uno de los espacios más representativos  del barrio  que lleva su nombre.

José Luis Espinoza E., en el texto La Fundación de Cuenca La Real Historia, señala que el 21 de enero de 1578 se hizo y se fundó una ermita en la plaza llamada de “San Sebastián y San Fabián”, junto a una cruz y humilladero ya existentes, poblada con la afluencia de inmigrantes indígenas.

Esto también lo señala el libro Cuenca Guía de Arquitectura, que menciona que en documentos del siglo XVI hacen referencia a la ermita de dos santos y que en años posteriores se omite al primero y se habla únicamente del templo de San Sebastián y desde 1962 de la “parroquia de indios” del mismo nombre, así como de su templo.

En este mismo año, el libro de la Diócesis de Cuenca 1919-1944, señala que el franciscano Fr. Francisco Rodríguez esta al frente de la parroquia y sin ser él primer párroco, tuvo que terminar el templo.  A su muerte se menciona que el Dr. Arredondo Aguero rigió la parroquia en calidad de cura propio, quien clasificó por categorías a los ciudadanos  y dividió a la parroquia en “ayllus” (conjunto de individuos o de familias unidas por ciertos vínculos como un origen común), dijo.

A finales del siglo XIX se realizan modificaciones en la iglesia. Se sustituye la fachada y se eleva la cúpula sobre el presbiterio. Esta intervención es atribuida al hermano Juan B. Stiehl, quien trabajó también en otros templos y casas de la ciudad.

La presencia de una sola torre al lado derecho del templo es considerado  por varios documentos un hecho asimétrico no común en la arquitectura religiosa de Cuenca y que según el libro Guía de Cuenca, hace suponer que el edifico esta incompleto.

En un escrito del Ministerio del Turismo, se señala que este elemento tiene un aire barroco sobrio, sobre todo, en el tratamiento del campanario octogonal y el remate de la pequeña cúpula y la linterna. Frente a la iglesia existe la presencia de un pequeño atrio y al lado sur, se halla la plaza de San Sebastián.

En el libro de Cuenca Guía de Arquitectura, señala que el atrio de ingreso a la iglesia se comunica con la Plazoleta de San Sebastián, desde la cual se aprecia el templo con perspectivas interesantes. Las puertas principales son de madera talladas con imágenes del Nuevo Testamento. El interior, de paredes blancas, se divide en tres naves, separadas entre si por columnas de madera. La nave central tiene una solución abovedada para sostener la cubierta que es de teja cerámica.

Junto a la iglesia se ubica la tradicional y venerada Cruz de San Sebastián, que fue colocada durante la época de la colonia para fomentar el cristianismo e indicaba la salida hacia el oeste de la ciudad.
 En torno a la iglesia y la plaza, se estructura uno de los barrios más tradicionales de Cuenca.

Esta parroquia, al igual que la de San Blas, ubicadas en el extremo oeste y este de Cuenca, respectivamente, eran conocidos como “barrios de indios”, denominados así por la separación racial y social existentes en la ciudad en la época colonial.

En esta parroquia se dio culto a la Santísima Virgen bajo la devoción de nuestra Señora de las Nieves, al Arcangel San Miguel, al signo de redención, la Santa Cruz, con el nombre de cruz de San Sebastián, y al señor de Jara.

Plazoleta, sitio de historias

En años atrás la plazoleta de San Sebastián se encontraba cerrada con rústicas piedras. En este sitio se celebraban festivales y de éstos el principal era el del 20 de enero que correspondía al día del patrono del barrio.

En este espacio se jugaron los primeros partidos de fútbol, Además que se indica que aquí se desarrollaron las corridas de todos.

En 1739 esta plaza fue el escenario de la trágica muerte del médico francés Juan Seniergues, miembro de la Misión Geodésica Francesa.

El trazado geométrico de la plaza; realizado a inicios del siglo XX y cuyo diseño es atribuido a Octavio Cordero Palacios, es de marcada influencia renacentista, relacionada directamente con los jardines de parterre, ejecutados en Versalles, por el paisajista Le Notre.