Ubicada a 19 kilómetros de Puerto Baquerizo Moreno, en un pequeño cráter, se encuentra la laguna El Junco, uno de los sitios más representativos de la isla San Cristóbal, en el archipiélago de Galápagos. Considerada la única laguna dulce de las islas, El Junco es un sitio muy frecuentado por decenas de fragatas que vuelan y rozan sus alas con el agua. El nombre de la laguna proviene de un tipo de planta cuyo nombre científico es Eleocharis mutata y es miembro de la familia Cyperaceae.  El Junco se encuentra rodeada de helechos y se puede caminar por los alrededores. Cuando el día está despejado, la vista de la laguna es espectacular. Aquí pueden apreciarse algunos de los pinzones de Darwin, gaviotas y piqueros. Antes de llegar a esta laguna, puede pasar por La Galapaguera, un centro de crianza de tortugas gigantes, donde se puede apreciar el proceso de crecimiento de las famosas galápagos.  El Junco no proporciona agua potable a la población. Se trata de un área del Parque Nacional Galápagos, que constituye un refugio para muchas especies de aves. El sitio está localizado a 2 horas de la aldea agrícola de El Progreso. De acuerdo con un estudio denominado Restauración Ecológica de la Laguna, El Junco es el mayor reservorio de agua dulce del archipiélago y posiblemente el más viejo en la cadena de la isla. No posee afluentes ni efluentes y el nivel del agua aumenta con las precipitaciones durante el invierno. En el resto del año, la evaporación se dificulta por una cubierta de nubes acompañada de ligeras lloviznas. El nivel del agua baja hasta 3 metros. En 2006, personal de la Dirección Parque Nacional Galápagos informó sobre el descubrimiento de una población de peces no nativos en la laguna El Junco. En su estado natural, la laguna no posee peces, sino que fueron introducidos.