Jacob Appelbaum es miembro del The Onion Router, o proyecto TOR, creado en 2003 por Roger Dingledine, Nick Mathewson y Paul Syverson, como un intento para contrarrestar el espionaje global.

TOR es una organización sin fines de lucro especializada en la investigación y la educación. Su sede está en Massachusetts y ha sido financiada por distintas organizaciones. Su objetivo es desarrollar una red de comunicaciones superpuesta sobre internet, pero protegiendo la identidad de los usuarios, es decir su dirección IP (anonimato a nivel de red). Además, mantiene la integridad y el secreto de la información que viaja por ella. Por eso su tecnología es denominada  red oscura o web profunda.

En marzo de 2011 recibió un premio de la fundación Free Software en la categoría de proyectos de beneficio social por permitir, un año antes, que alrededor de 36 millones de personas tuvieran libertad de acceso y de expresión en internet manteniendo su privacidad.