La figura del venezolano Juan José Flores estuvo ligada al Ecuador desde antes de su fundación (13 de mayo de 1830).

Flores había combatido en las guerras de independencia y cuando se instituyó la Gran Colombia fue nombrado Prefecto General del Distrito del Sur, conformado por los departamentos de Ecuador (Quito), Guayaquil y Azuay.   

Por eso, cuando la Junta de Notables quiteños firmó el Acta de separación de la Gran Colombia, también nombró a Flores como Jefe de Administración del nuevo Estado. Azuay y Guayaquil se disgregarían al poco tiempo para unirse a Quito.

Una vez en el poder, Flores convocó a una Asamblea Constituyente que le encargó provisionalmente la presidencia, hasta el 23 de septiembre de 1830 en que lo designó Presidente Constitucional.

La influencia de Juan José Flores sobre la vida institucional del Ecuador abarcó un lapso de 15 años, una etapa que no fue aprovechada por el mandatario para consolidar la nueva nación.

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Su gobierno se caracterizó por la ineficiencia fiscal, el despotismo generalizado y la represión. El historiador Alfredo Pareja señala que el de Flores fue un gobierno caracterizado por la extrema pobreza en que se debatían las grandes mayorías frente a la abundancia de la clase gobernante, además de la protección hacia los militares extranjeros, quienes formaban parte del gobierno y eran una casta privilegiada que se permitía toda clase de malos tratos a la población.

Antes de concluir su segundo mandato, convocó a una Asamblea para que escribiera una nueva Constitución, que se ajustara a su voluntad. En este documento, conocido como La carta de la esclavitud, entre otros puntos, se extendía el período presidencial a 8 años. Ante esto estalló en Guayaquil una rebelión conocida como la Revolución Marcista, que enfrentó al gobierno floreano  y lo derrotó. Flores renunció y marchó al exilio.

EL SELLO DE LA COLONIA NO SE PERDIÓ EN TODA LA REPÚBLICA

La historia republicana del Ecuador nació ligada a un desprendimiento poco cultural y político: la nueva hegemonía surgió de una matriz colonial, con un grado de independencia política mínimo. La marca de ese proceso “libertario” solo adquiría una nueva imagen: los criollos reprodujeron el sistema de explotación