A las 07:00 se inauguró el proceso electoral en Galápagos con un acto realizado en la isla Santa Cruz, donde habló Cinthia Álvarez, directora del CNE en esa provincia.

A pesar de que la inauguración se hizo a tiempo, en Puerto Ayora hubo un retraso en el inicio de las votaciones, debido a que los miembros de las juntas receptoras del voto (JRV) no llegaban. Además, en el recinto electoral San Francisco se inició el sufragio con media hora de retraso también por la demora en la instalación de las JRV.

Los inconvenientes fueron superados aproximadamente a las 08:00. En Galápagos no se elige prefecto ni viceprefecto, sino 3 alcaldes, 12 concejales urbanos y 3 rurales.

Según el CNE, en esta provincia hay 18.845 empadronados, de los cuales 9.849 son hombres y 8.636 son mujeres.