La implementación de un nuevo modelo de gestión que cumpla los objetivos de la reforma con la dedicación exclusiva de jueces al ejercicio de competencias, ha sido lo más complejo de asimilar e implementar -según la Veeduría-, debido a la cultura institucional basada en formas tradicionales de hacer las cosas:  lentitud y malas prácticas, lo que ha dificultado que el servicio público de Justicia responda a desafíos planteados.

Se dice que aún quedan resistencias internas por superar en la propia cultura litigante de los operadores de justicia, incluida la Policía Nacional.

En este eje se recomienda: analizar la conformación de salas de jueces liquidadores temporales; atender los problemas consignados en los juzgados de la niñez y adolescencia; reactivar el Consejo Consultivo Judicial; desarrollar un sistema de gestión de audiencias y monitoreo de judicaturas; modernizar la Escuela de la Función Judicial; formar una Audiencia Nacional para que juzgue los delitos más graves; potenciar un sistemas de cooperación internacional y fortalecer las iniciativas de la Unasur para contar con una estructura judicial supranacional;  crear una Policía de Investigación Civil dependiente de la Fiscalía; crear en la Fiscalía una unidad de investigación y enjuiciamiento de crímenes de lesa humanidad, de violación de  derechos humanos; crear la unidad de investigación y enjuiciamiento para tratar los delitos transnacionales y delitos de corrupción.