Con la nueva ley también se crea el Comité Nacional de Límites Internos, que estará adscrito al Ministerio que el Presidente de la República disponga, según señala el artículo 12.

Las funciones de este nuevo órgano están contempladas en el artículo 13, entre las que se incluyen la posesión de  los mediadores o árbitros a los que las partes en conflicto decidan acudir; presentar al Mandatario los informes técnicos de delimitación territorial que servirán para la resolución; actualizar el trazado de límites territoriales en la cartografía, entre otras acciones.

También podrá absolver consultas a las autoridades y población en general, en temas sobre límites territoriales internos.

El Comité, como contempla la ley, tendrá un directorio compuesto por un ministro enviado por el Presidente, un delegado del órgano nacional de planificación y otro por los gobiernos autónomos designado por ellos mismos. Este ente  tendrá la asesoría del Instituto Geográfico Militar (IGM).

El directorio aprobará por mayoría de sus miembros los informes técnicos y jurídicos preparados por la Secretaría Técnica en conflictos por indefinición territorial y también designará al secretario técnico del Comité.

La Secretaría Técnica y los gobiernos autónomos descentralizados contarán con la asistencia de especialistas y conocedores de los territorios y poblaciones en conflicto.