Pasada la medianoche, Jesús fue apresado en Getsemaní por los oficiales del templo y llevado ante Caifás, el sumo sacerdote. Entre la una de la mañana y el día siguiente, fue juzgado y encontrado culpable. Una vez en el pretorio y de acuerdo con la ley imperante, el mártir recibió 39 azotes. 

Los golpes desgarraron los músculos del dorso, los glúteos y las piernas hasta provocarle un estado cercano al colapso. Poco tiempo después, se le ordenó cargar la barra de su propia cruz que tenía un peso cercano a las 140 libras y, en el lugar de la ejecución, se le clavaron las manos entre el radio y los huesos del carpo. 

Sus pies se sujetaron con unos clavos de hierro de 7 pulgadas colocados entre el primero y segundo espacio intermetatarsiano. Enseguida, fue alzado con los brazos estirados sobre el patíbulo.

A partir de entonces, Cristo tuvo dificultades para exhalar el aire. El peso de su cuerpo tirando hacia abajo con los brazos abiertos debió interferir con su respiración normal, por lo que necesitó elevar el cuerpo utilizando como apoyo los pies, flexionando los codos y alejando los hombros. Sin embargo, esta maniobra debió producirle severos dolores. Lapresencia de penosos calambres musculares o contracciones tetánicas secundarios a la fatiga e hipercarbia, dificultarían el trabajo respiratorio aún más. 

La muerte de Jesús después de solo 3 a 6 horas en la cruz sorprendió aún a Poncio Pilatos. El hecho de que gritara en voz alta y luego dejara caer su cabeza, sugiere la posibilidad de una muerte súbita cardiaca por rotura del corazón (infarto masivo) o arritmia letal. 

Hoy podemos colegir que otras causas de su muerte fueron: insuficiencia renal secundaria a miocitolisis (destrucción muscular por la flagelación), y a choque hipovolémico (disminución del volumen de sangre secundario a sangrado); cardiopatía isquémica por trastornos de circulación y coagulación, insuficiencia cardiaca, edema agudo de pulmón, alteraciones metabólicas, distrés respiratorio, etc. Es decir, la muerte vino amargamente en medio de un agitado delirio, por un fallo multiorgánico. 

Para terminar este esquema clínico-patológico sobre el fallecimiento de Cristo, entre los aspectos médicos de su agonía y muerte no pueden descartarse el estado de ánimo deprimido, la ansiedad y la angustia que debe haber sufrido al sentirse perseguido, calumniado, insultado, vejado, ultrajado, humillado, traicionado, vendido y hasta negado. Agresiones todas que sazonaron su pasión y muerte física.