El seis de marzo de 1845 se inició en Guayaquil la llamada ‘Revolución Marcista’, por la cual los sectores nacionalistas del país se levantaron para expulsar del poder a Juan José Flores y su camarilla.
Esa revolución llegó a integrar a antiguos amigos y colaboradores de Flores, como el doctor José Joaquín Olmedo, que fuera su Vicepresidente y que -incluso- cantó las glorias militares de Flores en su célebre ‘Oda al vencedor de Miñarica’, un gran poema dedicado a un tema triste y ruin como es una guerra civil. Pero, más allá de su esencia nacionalista, esa revolución fue también un enfrentamiento entre las oligarquías regionales de Quito y Guayaquil.
Flores lideraba a la oligarquía terrateniente de Quito, a la que se hallaba unido por vínculo matrimonial. Además, usando abusivamente de su poder, se había apoderado de grandes posesiones de tierras del Estado, de comunidades indígenas y de propiedades del comerciante porteño Miguel Antonio Anzoátegui, con lo cual formó su hacienda La Elvira, que llegó a extenderse desde los páramos del Chimborazo hasta el centro de la Costa.
Esa ansia desenfrenada de poder y riqueza lo llevó a chocar con la oligarquía porteña, que sentía amenazados sus intereses. Y así se explica que el escenario de esa guerra civil hayan sido las haciendas simbólicas de uno y otro bando, cerca del actual Babahoyo: los combates principales se dieron en la hacienda de Flores, La Elvira, y se firmó la paz en la hacienda de Olmedo, La Virginia. Demás está decir que era el pueblo el que ponía los muertos de uno y otro bando.
El ‘Tratado de La Virginia’ fue un típico acuerdo entre grandes señores de la oligarquía. Flores aceptó su derrota y convino en separarse del poder y marchar voluntariamente al exterior, de donde podría volver en un plazo de dos años. A cambio, los revolucionarios se comprometían a conservarle el grado de ‘General en Jefe’ con sus honores y rentas, a garantizarle sus propiedades, a pagarle sus sueldos atrasados, a entregarle veinte mil pesos en oro para que pudiera subsistir en Europa y a pagar a su esposa la mitad del sueldo presidencial mientras durase la ausencia de su marido.
Los términos de ese tratado, que parecían más los de un acuerdo entre amigos que los de una rendición militar, desvirtuaron los anhelos y metas de esa revolución nacionalista. Y ahí comenzó una soterrada reacción de los elementos verdaderamente nacionalistas de todo el país, que también habían peleado contra el floreanismo, en contra los grandes señores de Guayaquil que suscribieron ese acuerdo y que luego detentaron el poder por algunos años.
En 1849 vino la pugna de poder entre dos políticos marcistas, el guayaquileño Diego Noboa y el quiteño Manuel de Ascásubi, que luego dio paso a la disputa de poder entre Noboa y el general Antonio Elizalde. Noboa se impuso con habilidad, pero luego se aproximó a los floreanos y ello provocó su derrocamiento por el nacionalista general José María Urbina, que se convirtió en Jefe Supremo y retomó el espíritu marcista original.