El programa inicial de la Revolución Alfarista fue esbozado en el editorial del Registro Oficial del 3 de septiembre de 1895: Regeneración de la República. Paz en el exterior. Orden, honradez y reorganización en régimen interno. Fomento al comercio y las industrias, desarrollo de las artes, protección a las ciencias. Mejora y aumento de la instrucción pública. Arreglo y fiscalización de las finanzas del Estado. Mesura y equidad en el reparto presupuestario.
Régimen de responsabilidad para los funcionarios públicos. Respeto a las garantías constitucionales. Fomento de la inmigración. Respeto para la religión nacional y consideración para las ajenas creencias. Impulso a la agricultura. Multiplicación de las vías de comunicación interregionales. Construcción de ferrocarriles. Perfeccionamiento de las instituciones militares.
En síntesis, se trataba de una revolución de carácter laico y con fuerte acento anticlerical, que se proponía separar radicalmente al Estado de la Iglesia, refrenar toda intromisión clerical en la política, nacionalizar y secularizar al clero y estatizar los bienes de manos muertas. Con la institución de la “educación pública laica y obligatoria” se buscaba ampliar y democratizar la acción del Estado, limitar la influencia ideológica de la Iglesia y los sectores conservadores, y crear una nueva conciencia ciudadana, proclive al libre pensamiento y a la tolerancia.
Era ciertamente una revolución burguesa, que buscaba eliminar las relaciones feudales de trabajo existentes en el país, y también una revolución nacionalista, que pretendía integrar a las aisladas regiones ecuatorianas, fortalecer al país para su defensa y buscar paralelamente la resolución del secular problema territorial con el Perú, por medios pacíficos. En este sentido, el plan de ferrocarriles nacionales tenía una gran importancia, porque era el medio a través del cual el régimen revolucionario se proponía unir a Sierra y Costa (línea Guayaquil-Quito), vincular al norte con el sur (ferrocarril Tulcán-Loja, ferrocarril de El Oro y ferrocarril de Manabí) y colonizar y poblar la región oriental (ferrocarril al Curaray). Además, el plan ferroviario respondía también a una estrategia de defensa nacional, pues permitiría una rápida movilización de tropas hacia cualquier lugar de país.
Tan ambicioso proyecto nacional debía chocar inevitablemente con muchos intereses creados. De ahí que el proyecto revolucionario hallara resistencias, inclusive al interior de las filas progresistas, donde, en general, lo apoyaban los radicales y lo resistían los liberales de la vieja escuela, que, cuando más, querían una tímida reforma política.
