Sobre la base de estudios científicos, el Parque Nacional Yasuní (PNY) es considerado la región de mayor diversidad biológica del mundo. En una hectárea del parque se han contabilizado hasta 644 especies de árboles, cantidad igual a la que existe en toda América del Norte; así mismo, en un árbol centenario del PNY existen más especies de epifitas que en toda Canadá. La familia de las epifitas está constituida por diferentes especies de musgos, líquenes, helechos, bromelias y la mayoría de las orquídeas, no son plantas parásitas, viven en los árboles, a los cuales se sujetan mediante raíces que hacen las veces de soporte.
Cuando explican la causa que origina este prodigio de biodiversidad, los científicos lo relacionan a la presencia de la cordillera de los Andes que atraviesa el Ecuador de norte a sur, a su ubicación geográfica dentro de la zona tropical y al hecho de que el espacio que hoy ocupa el parque formó parte de una de las islas de refugio de especies de flora y fauna existentes durante el período Pleistoceno. No se considera la influencia que han tenido las estructuras geológicas transversales, que sin duda son el aspecto más importante y determinante de la biodiversidad del PNY.
La cordillera oriental de los Andes ecuatorianos se encuentra disectada en tres ramales: la sierra de Napo-Galeras al norte, la sierra de Cutucú al centro y la sierra de El Cóndor al sur. En Colombia la cordillera Oriental constituye una sola unidad orográfica; el río Magdalena, la principal arteria fluvial de este país, nace en la zona suroeste, luego a lo largo de la fosa interandina, localizada entre las cordilleras Central y Oriental, recorre 1.500 km y desemboca en el Caribe -en ningún sitio rompe la cordillera Oriental-. En nuestro país muchos de los ríos que nacen en las estribaciones orientales de la cordillera Occidental desembocan en el Amazonas, luego de atravesar la cordillera Real y las sierras orientales.
En el territorio nacional, de sur a norte cortan las cordilleras los ríos Mayo, Zamora, Paute, Pastaza, Napo y San Miguel. Estos ríos corren a lo largo de fallas transversales, que a su vez forman parte de una enorme estructura transcontinental paralela a la línea Ecuador y al eje del río Amazonas.
Al descender por los sistemas de fallas transversales, el agua superficial y los ríos que bajan del altiplano, a través del tiempo geológico han modificado el relieve y han abierto enormes cañones que atraviesan las dos cordilleras, para luego llegar a la planicie oriental. A través de estos cañones, los vientos cálido-húmedos que ascienden desde las llanuras, durante algunos meses del año, modifican el clima y el ambiente de las zonas subandina y montañosa, de igual manera los vientos frío-húmedos y templados que descienden desde las cordilleras se dejan sentir en los valles cálido-húmedos del Oriente. El PNY está ubicado entre los ríos Napo y Curaray, los cuales corren a lo largo de fallas transversales.
