Preocupación especial mereció del régimen alfarista todo lo relativo a la salud pública, que era vista como una responsabilidad esencial e ineludible del Estado. Esto coincidió con el embate de plagas y pestes, algunas de vieja data, que volvieron imperativa la centralización de los servicios de sanidad, en toda la región del Pacífico Sur. Y otra causa impulsora de esa política fue el desarrollo de las ciencias médicas en el Ecuador, al impulso de sus vinculaciones con el mundo.
Mas no fue fácil el establecimiento y aplicación de la nueva política de salud pública impulsada por el alfarismo, que recibió el triple embate de la inestabilidad política, la resistencia de la Iglesia y las órdenes religiosas y la oposición de algunos sectores médicos y asistenciales del país, que resistían la centralización estatal.
En ese marco, el 1 de noviembre de 1899 se estableció en la capital la primera Maternidad Pública, a lo que siguió, pocos días más tarde, la resolución de canalizar y rellenar la Quebrada de Jerusalem, hasta entonces basurero principal de la capital, hecha por la Municipalidad de Quito con apoyo del Gobierno Nacional. Esta obra de salubridad pública, inaugurada el 10 de agosto de 1905, permitió la posterior construcción de la avenida Veinticuatro de Mayo, que se estrenó en 1922 y en la que el régimen liberal levantó el Monumento a los Héroes Ignotos de la Independencia.
El 3 de octubre de 1900, el gobierno alfarista decretó la nacionalización de los cementerios, hasta entonces manejados autoritariamente por la Iglesia, señalando que todo nuevo establecimiento de este tipo debería ser laico y abierto al uso público.
Paralelamente, con el propósito de combatir la especulación y garantizar al público la provisión de alimentos de buena calidad, bajo precio y condiciones higiénicas, el Gobierno se empeñó en la construcción de modernos mercados municipales en las ciudades del país.
Así, en 1898 se inauguraron el Mercado de Babahoyo y el Mercado de Santa Clara, de Quito, y en 1907 el Mercado Sur de Guayaquil, entre otros. Cabe resaltar que las estructuras metálicas (hierro y zinc) de estos dos últimos fueron importadas por el gobierno del general Eloy Alfaro desde Hamburgo, Alemania, siendo en su momento un alarde de modernidad y progreso por parte del régimen liberal. Ambas estructuras tienen mucho parecido con la del mercado de Les Halles, de París, lo que dio lugar a que posteriormente se pensara que se trataba de obras diseñadas por Gustave Eiffel, el constructor de la legendaria torre parisina que lleva su nombre.
