El 13 de septiembre de 1829 el Libertador Simón Bolívar se encuentra en la isla Santay. Llegó allí el 31 de agosto por recomendación médica debido a un ataque de bilis que lo aquejó gravemente en Guayaquil.

Mejor de ánimos, Bolívar acaba de dictar una larga carta dirigida a su edecán y amigo Daniel O’Leary, quien había sido ascendido recientemente a General de Brigada por su triunfo en Tarqui al mando del Mariscal Sucre, en ella le expresa toda su fatiga moral y física, sus temores, sus angustias y anuncia su retiro de la vida pública.

La carta es un análisis de la grave situación política de Colombia a la luz de intrigas, de peleas internas de sus partidarios y de la incertidumbre de saber quién iba a reemplazarlo en el poder. No olvida mencionar su descontento por esa  idea de traer un noble europeo a reinar en Colombia en una suerte de monarquía constitucional.

Otro tema le preocupa. Desde la orilla oeste de Santay observa  Guayaquil, la ciudad está sitiada desde hace 8 meses por las fuerzas militares navales del Perú. Esta ocupación se da como resultado de las hostilidades del general José de La Mar, entonces presidente del Perú, hacia la Gran Colombia.

En efecto, La Mar ordenó una campaña marítima en las costas Colombianas con el fin de ocupar Guayaquil. Las fuerzas navales de los dos países se encontraron  el 2 de julio de 1828 en Punta Malpelo, cerca de Tumbes, donde se dio lugar el primer combate de una guerra que durará poco más de 6 meses. Los grancolombianos logran vencer, pero la flota peruana regresa mejor armada y en noviembre entra al puerto de Guayaquil. El 1 de febrero de 1829, después de dos meses de bloqueo, las fuerzas peruanas ocuparon Guayaquil y se apoderaron de las naves grancolombianas.

A pesar de que las tropas comandadas por Sucre habían vencido a los peruanos en Tarqui el 27 de febrero, firmándose al día siguiente el Convenio de Girón mediante el cual se establecía, entre otros, el retiro peruano de Guayaquil, no fue sino hasta el 19 de junio de ese año que, vísperas de un combate que había sido fijado por el Libertador para sacar a los ocupantes del sur, se produce en Lima el derrocamiento del general La Mar, que a la postre fue la razón del retiro peruano de Guayaquil y la devolución de las naves colombianas.

El 22 de septiembre de 1829 los delegados plenipotenciarios de Colombia y Perú firman el acuerdo de paz, estableciendo también que los límites entre estos dos países serán los mismos que mantuvieron los Virreinatos de Nueva Granada y del Perú antes de su independencia. Este acuerdo es el llamado Tratado de Guayaquil, cuyo borrador fue escrito por el Libertador en la isla Santay. Bolívar, como presidente de Colombia, lo confirmaría más tarde.

Poco tiempo pasó el Libertador en Santay, no más de dos semanas. Quedan para la historia algunas cartas importantes escritas desde allí y el Tratado de Guayaquil. Desde Santay, donde toma todas las fuerzas necesarias, El Libertador navega en el río Guayas por última vez y parte para siempre a Quito y de allí a Bogotá. Quince meses más tarde muere muy enfermo en su quinta de San Pedro Alejandrino.