Ella era una mujer de letras que, en 1889, dirigía El Perú ilustrado, una de las principales revistas literarias de su país. Tuvo que renunciar, en 1891, por haber publicado Magdala, del brasileño Henrique Coelho Netto, un cuento en el que Jesús expresa su amor de hombre por María Magdalena. Años más tarde, su casa y la imprenta que administraba fueron saqueadas por gente del gobierno dictatorial de Nicolás de Piérola. Fueron días de terror durante los cuales la escritora perdió sus manuscritos y las máquinas. El 25 de marzo de 1895, Clorinda Matto de Turner huyó de Lima a Santiago de Chile para finalmente, el 15 de mayo, llegar a Buenos Aires, de donde ya jamás regresaría.

En Aves sin  nido (1889) —novela precursora del indigenismo, a pesar de su drama sentimental y cierta visión idílica acerca del indio—, Clorinda Matto de Turner comienza con un «Proemio» donde plantea sus tesis sobre la naciente literatura nacional y la injusticia e hipocresía sociales referidas a la expoliación del indio y la vida disipada de los sacerdotes.

Hoy, la explotación que ella denunciaba es condenada por las leyes laborales y existe una amplia discusión sobre el celibato. Pero, ser mujer y  decirlo a finales del siglo XIX significaba una confrontación directa contra los poderes establecidos de la sociedad patriarcal y católica.

Matto, que define una función pedagógica para la literatura nacional, decía que la novela de costumbres debía influir en sus lectores, de tal forma que, después de leerla, «¿Quién sabe si se reconocerá la necesidad del matrimonio de los curas como una exigencia social?».

Asimismo, Matto denuncia a los «mandones de villorrio», y, hacia el final de la novela, un personaje femenino se quejará contra la injusticia sistémica: «¡Nacimos indios, esclavos del cura, esclavos del gobernador, esclavos del cacique, esclavos de todos los que agarran la vara del mandón!».

En la novela Aves sin nido, subyace un proyecto nacional liderado por la burguesía modernizadora que debe derrotar a la oligarquía terrateniente; la tesis implícita es que el indígena tendrá un trato humanizado basado en la educación y el respeto y, en la asimilación, por su parte, de la cultura ciudadana. No obstante esta limitación, Aves sin nido es una novela valiente, a la que, como consecuencia del escándalo de Magdala, la Iglesia peruana no dudó en incluir en su lista de libros prohibidos; y, como corolario, el Obispo de Lima, excomulgó a la escritora.

Clorinda Matto de Turner fue, también, una intelectual feminista. En 1895 leyó en El Ateneo de Buenos Aires, su conferencia «Las obreras del pensamiento en América del Sud», basada en su lectura de más de noventa autoras del continente: «Me refiero a las mujeres que escriben, verdaderas heroínas que luchan, día a día, hora tras hora, para producir el libro, el folleto, el periódico, encarnados en el ideal del progreso femenino». Ella demostró, con su lucha y con su obra, que las aves sin nido tienen la fuerza suficiente para volar por sí solas.